فیزیك غیر خطی DNA

سه شنبه 14 خرداد 1392  12:47 ب.ظ

فیزیك غیر خطی DNA



ناشر: اندیشه‌سرا

نویسنده: مجید منجمی

قطع: وزیری

تعداد صفحه: 252

بها: 10000 تومان


مرکز پخش: 66966925

فهرست مطالب

مقدمه

فصل 1: ساختار DNA

1-1- ترکیب شیمیایی و ساختار اولیه

1-2- موقعیت فضایی و ساختار دوم  

1-3- نیروهای پایدارکنندۀ ساختار دوم DNA

1-3-1- برهمکنش‌های هیدروژنی  

1-3-2- برهم کنشهای stacking

1-3-3- نیروهای دوربرد درون زنجیر و برون زنجیر

1-4- پلی‌مورفیسم  

1-5- ساختار سوم  

1-5-1- ابر مارپیچی

1-5-2- سازمان ساختاری در سلول‌ها  

1-6- مدل‌های تقریبی ساختار DNA

1-6-1- توضیحات عمومی  

1-6-2- سلسله مراتب مدلهای ساختاری

1-7- روشهای تجربی مطالعۀ ساختار DNA

 فصل 2: دینامیک DNA

2-1- نمای کلی حرکات داخلی DNA 

2-2- حرکات پیچشی و خمشی

2-3- دینامیک بازها

2-3-1- حالت تعادل  

2-3-2- حرکات ممکن بازها

2-4- دینامیک اسکلت قند و فسفات

2-4-1- حالت تعادل

2-4-2- حرکات ممکن اسکلت قند و فسفات

2-5- گذارهای کنفورماسیون  

2-5-1- گذار BA

2-5-2- گذار BZ

2-6- حرکاتی که در جدایی موضعی رشته‌ها شرکت دارند

2-6-1- باز شدن جفت بازها

2-6-2- جابجایی متقاطع در رشته‌ها

2-7- مدل‌های تقریبی برای دینامیک DNA

2-7-1- اصول اصلی مدل‌سازی

2-7-2- سلسله مراتب مدل‌های دینامیک 0

2-8- روش‌های تجربی مطالعه دینامیک DNA

2-8-1- پراکندگی رامان  

2-8-2- پراکندگی نوترونی  

2-8-3- طیف‌سنجی مادون قرمز

2-8-4- تعویض هیدروژن- دوتریم (- تریتیم)

2-8-5- جذب امواج میکرو

2-8-6- NMR 9

 فصل 3 : عملکرد DNA

3-1- جنبه‌های فیزیکی عملکرد DNA

3-2- انترکاله شدن  

3-3- شناسایی پروتئین- DNA

3-4- بیان ژن

3-5- تنظیم بیان ژن

3-6- همانندسازی

فصل 4: تئوری خطی DNA

4-1- مدل‌های ریاضی اصلی

4-1-1- مدل خطی میله ‌مانند

4-1-1-1- دینامیک پیچشی و طولی: حالت گسسته

4-1-1-2- دینامیک پیچشی و طولی: حالت پیوسته

4-1-1-3- حرکات خمشی

4-1-2- مدل میله مانند دوگانه خطی  

4-1-2-1- حالت گسسته  

4-1-2-2- حالت پیوسته

4-1-3- مدل‌های خطی سطوح بالاتر

4-1-3-1- مدل‌های سطح سوم  

4-1-3-2- مدل‌های سطح چهارم (شبکه‌ای)

4-2- آمار تحریکات خطی

4-2-1- فونون‌ها در مدل میله مانند  

4-2-1-1- جواب‌های عمومی معادلات مدل  

4-2-1-2- بیان کوانتمی ثانویه

4-2-1-3- توابع همبستگی

4-2-2- فونون‌ها در مدل میله مانند دوگانه  

4-2-2-1- جواب‌های عمومی معادلات مدل

4-2-2-2- بیان کوانتمی ثانویه

4-2-2-3- توابع همبستگی

4-2-3- فنون‌ها در مدل‌های سطوح بالاتر  

4-3- مسأله پراکندگی

4-3-1- پراکندگی توسط DNA منجمد

4-3-2- پراکندگی الاستیک

4-3-3- پراش غیر الاستیک

4-4- تئوری خطی و تجربیات آزمایشگاهی  

4-4-1- قطبش‌زدایی فلوئورسانس

4-4-2- طیف فرکانس پایین: پراکندگی نوترونی، پراکندگی مادون قرمز،

 پراکندگی رامان و سرعت صوت

فصل 5 : تئوری غیرخطی DNA: مدل‌های دینامیکی ایده‌آل

5-1- مدل‌سازی ریاضی غیرخطی: اصول کلی و محدودیت‌ها

5-3- جوابها و تفسیر آن‌ها

5-2- مدل‌های غیرخطی میله مانند

5-2-1- مدل میله مانند Muto

5-2-2- مدل Christiansen

5-2-3- مدل شبه میله‌ای Ichikawa

5-3- مدل‌های میله‌ای دوگانه غیرخطی

5-3-1- حالت کلی: هامیلتونی

 5-3-2- حالت کلی: معادلات دینامیکی

5-3-3- مدل Y-

5-3-3-1- حالت ناپیوسته

5-3-3-2- حالت پیوسته

5-3-3-3- تقریب خطی

5-3-3-4- انتگرال اول

5-3-3-5- جوابهای (kink-like) که با روش نیوتن بدست آمده است

5-3-3-6- جواب‌های (kink-like) که با روش Herman پیدا شده است

5-3-4- مدل Peyrard و Bishop

5-3-5- مدل میلۀ دوگانه Muto 

5-4- مدل‌‌های غیرخطی درجات بالاتر  

5-4-1- مدل Krumhansl و Alexander

5-4-2- مدل Volkov

فصل 6 : تئوری غیرخطی DNA: مدل‌های غیر ایده‌آل

6-1- اثرات محیط

6-1-1- رویکرد کلی  

6-1-2- مثال‌های خاص  

6-2- اثرات غیریکنواختی 0

6-2-1- مرز  

6-2-2- ناحیه موضعی  

6-2-3- توالی بازها

6-3- اثرات پیچشی  

فصل 7 : تئوری غیرخطی DNA

7-1- رویکرد PBD

7-2- تقریب گاز ایده‌آل

7-3- مسئله پراکندگی و مدل‌های ریاضی غیرخطی

7-3-1- مدل Sine-Gordon ساده  

7-3-2- مدل Sine-Gordon مارپیچ

7-3-3- مدل Y

فصل 8 : تست‌های تجربی غیرخطی بودن DNA

8-1- جایگزینی هیدروژن- تری‌تیوم (یا هیدروژن- دوتریم)

8-2- جذب امواج میکرو  

8-3- پراکندگی نوترونها و نور  

8-3-1- تفسیر Fedyanin و Yakushevich 0

8-3-2- تفسیر Cundall و Baverstock

8-4- دپلاریزاسیون فلوئورسانس   

فصل 9 : غیرخطی بودن و عملکرد

9-1- مکانیسم غیرخطی گذارهای کنفورماسیون

9-2- امواج کنفورماسیونی غیرخطی و اثرات دوربرد

9-3- مکانیسم غیرخطی تنظیم رونویسی

9-4- جهت فرآیند رونویسی  

9-5- مدل غیر خطی دناتوره شدن DNA


نوشته شده توسط: بهزاد پاکروح | آخرین ویرایش:جمعه 4 مرداد 1392 | نظرات() 


شبکه اجتماعی فارسی کلوب | Buy Mobile Traffic | سایت سوالات